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《财政部、国家税务总局关于纳税人异地预缴增值税有关城市维护建设税和教育费附加政策问题的通知》（财税〔2016〕74号）规定，自2016年5月1日起，纳税人跨地区提供建筑服务、销售和出租不动产的，应在建筑服务发生地、不动产所在地预缴增值税时，以预缴增值税税额为计税依据，并按预缴增值税所在地的城建税适用税率和教育费附加征收率就地计算缴纳城建税和教育费附加；预缴增值税的纳税人在其机构所在地申报缴纳增值税时，以其实际缴纳的增值税税额为计税依据，并按机构所在地的城建税适用税率和教育费附加征收率就地计算缴纳城建税和教育费附加。
举例：某建筑公司跨地区施工，预缴增值税100万，预缴地城建税税率5%，应当在建筑服务所在地随预缴增值税缴纳城建税100×5%=5 万元；该公司当月申报应缴纳增值税合计150万，实际应补缴增值税50万，申报地城建税税率7%。则应缴纳城建税（150-100）×7%=3.5。也就是说，城建税本身没有汇算、清算、补税一说，它完全是跟着增值税来的。预缴100万增值税，城建税计税依据就是100万；补缴50万增值税，计税依据就是50万。至于税率，分别按照增值税实际缴纳地执行。
因此，如果项目所在地和机构所在地的城建税适用税率和教育费附加征收率存在差异，不存在补缴也不能申请退城建税及教育费附加。
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