在人类细胞中，DNA充满了组蛋白、RNA和染色质相关蛋白，形成粘性凝胶。在任何给定时刻，只有蛋白质组的一个子集可以结合DNA并组织其结构、转录、复制、修复和其他基本分子功能。2025年5月22日，德国弗赖辛慕尼黑工业大学（TUM）生命科学学院Bernhard Kuster团队在Cell（IF 45.5）杂志上发表了题为“The human proteome with direct physical access to DNA”的研究文章，开发了一种“零距离”光交联方法来定量与活细胞中DNA直接接触的蛋白质，这为探索基因组调控开辟了一条直接途径，适用于许多生物体和系统。

设计成果

1、从光敏培育神经细胞中分离出DNA化学交联蛋清质

是为了分割光热塑蛋清质-DNA符合物用作LC-MS研究，著者研发了一大种退行纯化计划方案，可从DNA中去如果不是热塑蛋清质，仅在作用时能够直接的脱色体组排斥聚集DNA热塑蛋清质。用TRIZOL导入脱色质并除掉被抓获的非热塑蛋清，然而将其自己可溶性高，溶于水的以开始RNase消化酶系统。能够彩超、剪切应纳税所得额蛋清质热塑DNA的导入物，在硫氰酸胍中高温退行，并在二氧化反应硅离心式柱上剧烈地清洗以去如果不是热塑蛋清质随后完整。能够核酸酶治理 从DNA中发挥光热塑蛋清，并开始胰蛋清酶消化酶系统用作LC-MS研究。该措施排列顺序为蛋清质热塑DNA导入或XDNAX。

图1.核营养物质交连DNA去除或XDNAX标准流程表（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

2、可同时触碰DNA的核胆固醇图谱

将光交连方式方法使用于MCF7血神经细胞，发现了了1,805种侯选核核血清，表中1,191种发生于3个或大量次连续中。60%的DNA相互之间能力组有核酸组合的GO批注，在欠缺核酸组合批注的核核膳食纤维中，更大的分享源自核纤层核核血清，之后是参与者染色剂质安排和血神经细胞分裂主义的核核膳食纤维（图2）。

图2 . 可真接玩 DNA 的蛋清质（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

图3汇报了DNA上下级角色组所蕴含的血清质含量质-DNA表面名词解释一般诸如的核苷酸热塑肽。这诸如主要是因为（1）球状DNA联系起来形式域、（2）DNA 联系起来起居不规律区（IDR）和（3）主要是因为与任何血清质含量质（诸如组血清质含量联系起来血清质含量）、RNA（诸如剪接指数）或相分离法区室（诸如核仁血清质含量）上下级角色而引发的大环境靠近。

图3 . 可立即了解 DNA的格局域（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

3、降钙素原检测受损细胞扰动期内与DNA紧密联系的转录要素

雌雄雄生长激素肾上腺素受体α（ESR1）驻回到胞质溶胶中，等你出现其配体，释放易位到组织癌神经细胞质，在那处它与表观遗传组中的某位置结合实际以条件刺激启动某的转录程序流程。将血清饥饿的MCF7组织癌神经细胞表露于高含量雌雄雄生长激素（10 nM 17β-雌二醇）4分之五钟，与模以清理的照表组织癌神经细胞对比植物的根的DNA充分用途组（图4A）。表中，雌雄雄生长激素条件刺激后DNA充分用途组中的ESR1上升了30倍（图4B）。总的再说，在1,814个定量分析的淀粉酶酶质-DNA充分用途中，约有9%表明出少于2倍的有明显变化规律，并看到与ESR1兼有充分用途的淀粉酶酶如POLR2A和SMARCA4等（图4B-C）。

图4 雌肾上腺素治理 甲状腺癌細胞 DNA 彼此效用组的定量分析对比（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

总结ppt

探究探讨進入DNA组的蛋清质以分析它是要怎样被导出并付诸时间的，始终是科研项目师一些长时间的最求。DNA组可及性一般以DNA为机构的维度来进行探究探讨，不过，到近年来到止，印染质抑菌凝胶中的怎样蛋清质与DNA 出现物理防御充分影响尚不模糊不清。运用零距光化学交联，可显示DNA充分影响组中的一般数蛋清质，XDNAX技术工艺将算作蛋清质-DNA充分影响探究探讨的强专用工具。

拜谱总结

该研究基于LC-MS/MS蛋白质谱开发的XDNAX技术，实现了活细胞内蛋白质与DNA直接相互作用的精准捕获与定量分析，绘制了高分辨率的人类DNA互作蛋白图谱，为解析基因组调控网络提供了全新工具。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司，可提供完善成熟的蛋白酶质组学、装饰组学、代谢转化组学、转录组学等多组学产品技术服务体系，整合多组学数据进行深入挖掘分析，全面解析机制机理等，助力高分文章发表。欢迎咨询！

分类文章：

Trendel J, Trendel S, Sha S, Greulich F, Goll S, Wudy SI, Kleigrewe K, Kubicek S, Uhlenhaut NH, Kuster B. The human proteome with direct physical access to DNA. Cell. 2025 May 14:S0092-8674(25)00507-0. doi: 10.1016/j.cell.2025.04.037.