
拜谱生物正式推出基于化学蛋白质组学的衣康酸性反应遮盖核蛋白组学产品,实现1000+高妙度遮盖位点查出,可靠逆转非常经典靶点,全东南方向生信探讨解析靶点蛋白功能信息,发现新靶点,并提供从“会发现”到“效验”全标准流程保障,为深度理解衣康酸及其衍生物在不同疾病研究中的作用机制提供重要依据。
PART 1
01、实验英文的流程
02、测评资料
03、经“点”再现
在实测值数据报告中,检测出多条论文参考文献中宣传报道的金典靶点简述衣康酸突显位点,如第一名个被看到的衣康酸共价突显蛋清KEAP1,还是糖酵解信号通路中的3个重要酶如LDHA、GAPDH、ALDOA,甚至炎性小体组建蛋清NLRP3和受损细胞萎缩全过程中的重要蛋清RIPK3等,其质谱图相应图下图。
04、企业产品优点和缺点
1.多方面质控
商业性化活性聊天探测器孵育、SDS-PAGE探测、WB认证、范本有关的性剖析等甲乙双八卦方位探测,确保创业项目报告不靠谱性。2.高效能质谱仪器设备服务平台
在Orbitrap Astral全新新一批高区分质谱仪六道金刚咒下,变现衣康碱化遮盖位点及球蛋白判定新程度,推动科学学调查新遇到。3.全方案一趟式业务
鉴于拜谱生物学建立健全的实验性app平台,可出示“癌细胞致力于→测试探针孵育→WB判断工具→举重若轻度衣康碱化体现判断工具→炫舞心悦生信浅析→特定的位点PRM手机验证”全步骤售后服务,省时省劲、方便更安心省心。05、浅析介绍(一部分)
06、用朝向
PART 2、期刊论文分享视频
专著一
英文字母一级标题:Chemoproteomic profiling of itaconation by bioorthogonal probes in inflammatory macrophages(Journal of the American Chemical Society,Q1,2020)
汉语宝贝标题:炎症巨噬细胞中生物正交探针的化学蛋白质组学分析
研究方案东西:本研究首次报道了基于衣康酸类似物OI,设计合成了适用于活细胞标记的衣康酸生物正交探针(ITALK),并实现了对炎症巨噬细胞中衣康酸修饰位点的直接鉴定。共鉴定出862个衣康酸化蛋白、1131个半胱氨酸位点,且存在18个赖氨酸和8个组氨酸的衣康酸修饰。这些修饰底物中包括了许多参与到炎症免疫响应和宿主防御相关调节通路中的关键蛋白,例如炎性小体、信号转导、转录和细胞死亡相关蛋白,暗示衣康酸可通过调节多种通路来影响巨噬细胞功能。作者们选取了几个新发现的修饰蛋白BRI3B、WIPI3和RIPK3并通过点突变实验对其修饰位点进行了验证。本研究为理解衣康酸在巨噬细胞炎症反应中的作用机制提供了丰富的数据支持。
(图源:Qin, Wei et al.,J Am Chem Soc. 2020)
资料二
英语子标题:4-Octyl itaconate restricts STING activation by blocking its palmitoylation(Cell Reports,Q1,2023)
繁体中文微信标题:4-辛基衣康酸通过阻断STING蛋白棕榈酰化来抑制其活性
研究方案文章:cGAS-STING轴在防御外来病原体和维持免疫稳态中起着至关重要的作用。虽然在了解巨噬细胞活化过程中发生的代谢变化方面已经取得了实质性的进展,但对这些代谢变化如何影响cGAS-STING轴却知之甚少。在这项研究中,作者确定衣康酸的衍生物4-辛基衣康酸(4-OI)抑制cGAS-STING的激活。此外,作者发现4-OI抑制cGAS-STING相关的抗病毒免疫反应和自身免疫性炎症。然而,作者发现内源性衣康酸不影响cGAS-STING激活,表明4-OI和衣康酸的功能不同。从机理上讲,研究发现4-OI直接烷基化STING上的Cys91,阻断STING棕榈酰化和寡聚化。4-OI对STING的烷基化代表了STING的另一种翻译后修饰(PTMs)。该研究的发现揭示了cGAS-STING功能通过4-OI烷基化进行调节的机制,并为不同类型PTMs之间的串扰提供了见解。
(图源:Su, Chaofei et al.,Cell Rep. 2023)
PART 3、真实案例具象化要点
蛋白质的S-脂酰化(S-acylation)是指脂肪酸与半胱氨酸的巯基通过硫酯键相连。最典型的是棕榈酸,即S-棕榈酰化。催化这一反应的酶属于蛋白质酰基转移酶(protein acyltransferase,PAT)家族,含有DHHC(Asp-His-His-Cys)序列,所以称为DHHC-PAT。由于DHHC基序形成锌指结构域,因此编码这些酶的基因称为含锌指DHHC(zDHHC)。现已发现24种人类zDHHC基因,命名为zDHHC1- 24(无zDHHC10,有zDHHC11B)。这些zDHHC之间的底物亲和力和催化活性差异很大,其中zDHHC17和zDHHC13具备着更强的底物紧密结合效率,而zDHHC3和zDHHC7具有高效的S-酰化作用。
S-棕榈酰化通过两步机制进行(如下图)。第一步是DHHC基序中的半胱氨酸残基被来自棕榈酰-CoA的棕榈酸酰化,形成酰基酶中间体,这一步通常称为自棕榈酰化。第二步是将棕榈酰基部分转移到蛋白质底物中的半胱氨酸巯基上。
(图源:Anderson, Alison M et al.,NPJ Breast Cancer. 2016)
值得一提的是,在拜谱生物学衣康硝化作用修饰语组评测统计资料中,发现zDHHC13有3个半胱氨酸残基被衣康过酸遮盖(下面的图)。不妨设想,zDHHC13的半胱氨酸残基被衣康酸烷基化,影响其自棕榈酰化,进一步影响其靶蛋白的棕榈酰化,进而影响相应的生物学功能,为相关机制机理研究提供新思路。
PART 4、拜谱个人心得体会
看作TCA重复中的正中间分泌物,衣康酸调理分泌、抗体和真菌感染中间的相护用途,为开展抗体真菌感染性问题展示了带替开展管理策略。衣康酸机构中的亲电性α,β-不过剩羧酸机构能对氨基酸质上的生物半胱氨酸残基实现烷基化淡化语(迈克尔暴击伤害的反应),这一项反译后淡化语被成为“衣康酸淡化语(itaconation)”,而使损害氨基酸质实用功能,监测抗体回应和分泌路径,为许多种问题类药物产品研发展示新工作思路。拜谱生物作为国内领先的多组学公司,全新推出基于化学蛋白质组学的衣康硝化作用掩盖球蛋白组学产品,在全流程高精密仪器和高特异性生物正交探针加持下,可实现高精度、高深度的一站式衣康酸化修饰组检测。另外,可搭配拜谱生物医学检验可以说 化学发光法靶向疗法代谢率组(QMT1000)或激光能量细胞产生靶向疗法细胞产生组品牌对衣康酸及其类似物进行靶向绝对定量检测。多组学强强联手,有助于深入理解衣康酸化修饰的功能及其调控机制,为疾病机制机理研究提供科学依据,从而在指导靶向药物设计、疾病治疗等方面创造无限可能。欢迎咨询!
借鉴文献
1. Qin W,Zhang Y,Tang H, et al. Chemoproteomic Profiling of Itaconation by Bioorthogonal Probes in Inflammatory Macrophages. J Am Chem Soc. 2020;142 (25):10894-10898. 2. Su C,Cheng T,Huang J, et al. 4-Octyl itaconate restricts STING activation by blocking its palmitoylation. Cell Rep. 2023;42 (9):113040. 3. Anderson AM,Ragan MA. Palmitoylation: a protein S -acylation with implications for breast cancer. NPJ Breast Cancer. 2016;2:16028.