
2025年2月23日江西读书王英杰教练专业团体等在Stem Cell Research & Therapy刊物(7.1)上发表“OCT4 translationally promotes AKT signaling as an RNA-binding protein in stressed pluripotent stem cells”的文章,文章发现在低氧应激条件下,转录因子OCT4可以作为RNA结合蛋白在转录后水平激活AKT信号通路,维持多能干细胞的存活和多能性。研究团队通过HITS-CLIP等组学分析技术,发现OCT4蛋白能与一系列靶mRNA结合。在应激条件下,OCT4蛋白可脱离DNA结合模式,转而结合到AKT通路相关基因(如AKT1)mRNA的5'UTR区域,发挥RBP和ITAF的功能。进一步利用翻译组测序(RNC-seq)和蛋白质组学分析证实,这种结合显著提升了靶mRNA的翻译效率,导致AKT通路蛋白的快速翻译,促进细胞存活。拜谱生物学为该实验可以提供了血清互作组检查提供服务,助力揭示OCT4的互作蛋白。该内容通讯网小编王英杰任课老师为拜谱生态学首席总裁完美咨询师,拜谱生态学总运营总监呼建文联手落款刊登。
英语翻译关键词:OCT4 translationally promotes AKT signaling as an RNA-binding protein in stressed pluripotent stem cells, Stem Cell Research & Therapy, IF 7.1, 2025
小说作者公司:浙江大学
探析的原材料:人类胚胎干细胞系H1和H9、NCCIT细胞
组学技術:转录组、蛋白质互作组
PART.1
理论研究结局
OCT在转录后横向激话AKT1血清传达
能够RNA干扰信号敲低OCT4,挖掘AKT1 mRNA情况有效变高,而球核苷酸情况转变不。这体现了OCT4在AKT1形容调节作用中来源于转录后/讲述情况的文化差异。OCT4算作有一种主要是坐落于神经血上皮細胞膜连接数挥实用功能的转录系数,而大要素转录后/讲述时候会发生在神经血上皮細胞膜质中,小说作家能够亚神经血上皮細胞膜离心分离换取胞质、神经血上皮細胞膜酚类化合物,挖掘神经血上皮細胞膜质中的OCT约占总球球蛋白的10%。顺利通过热塑免疫检测奠定测序科技(HITS-CLIP)详情OCT4-RNA互作组
是因为刚刚的学习取决于OCT4概率是RBP,以至于学习专业师管理直接决定利用HITS-CLIP新技术装置地解读OCT4-RNA相互间效应组。学习专业师管理利用CRISPR/Cas9装置建设了TAP-OCT4 H1癌细胞膜系,该癌细胞膜系在OCT4的5’UTR后部敲入好几个个TAP标价签,以供更易于地转移和含有OCT4-RNA复合材料物。能够 种做法,学习专业师管理分辨了过多OCT4综合起来位点,这位点分散在5’UTR、CDS、3’UTR、囊括了子、非编号规则遗传遗传基因外显子、遗传遗传基因间地方和反义CLIP-seq标价签中(图1)。利用MEME手机app对OCT4综合起来位点做出motif剖析,察觉到GC-rich的(5′-GCCG-3′)编码序列在OCT4综合起来位点中特殊含有,尤为是地处译为开始位点的GC-rich六聚体(图1)。
图1 OTC4联系靶DNAmRNA的5’-UTR城市
采用OCT4根据PI3K/AKT通道dna的mRNA
微怪物企业信息学讲解表示OCT4凭借的什么是dna具体参与者RNA分泌、汉语译为、各种各样的激起和有压力发生反应等微怪物学的环节 ,这认为OCT4在这的环节 中将充分调动为重要的自我调理效用。这什么是dna的功效在其中以及血清质磷碱化、内源性凋亡4g无线数据信号灯径路和干上皮上皮生殖人体神经细胞系保证等。GO讲解认为,OCT4凭借的什么是dna分布图在上皮上皮生殖人体神经细胞系的大部件区域中,在其中以及上皮上皮生殖人体神经细胞系质、上皮上皮生殖人体神经细胞系质和上皮上皮生殖人体神经细胞系膜。GO分子结构功效讲解认为,OCT4凭借的什么是dna具备有DNA凭借、RNA凭借和激酶凭借等功效。KEGG径路讲解将OCT4凭借的什么是dna聚类分析到某些径路中,在其中在其中以及上皮上皮生殖人体神经细胞系附着、PI3K/Akt4g无线数据信号灯径路和PPAR4g无线数据信号灯径路。与AKT自我调理效用一样,OCT4凭借到几个PI3K/AKT4g无线数据信号灯径路什么是dna的mRNA,在其中以及PIK3CD、PIK3R2、PDPK1、AKT1、KRAS、BAD和EIF4E。这认为OCT4将凭借同时凭借其5’UTR来调理这什么是dna的汉语译为。OCT4与互作蛋清影响于翻譯始点的自我调节
是为了更明确地认定受损人体上皮肿瘤細胞系质中的OCT4互作球蛋清,理论探析涉及到员工对受损人体上皮肿瘤細胞系质球蛋清运用了温顺的裂解,并省略了裂解加载液中加上核酸酶。那样前提条件仅仅调取了球蛋清/核酸上下级效用,还使核质TFs与染色体组组DNA共析出,最后相对于丰度了受损人体上皮肿瘤細胞系质球蛋清和另外可可溶性核质球蛋清(如剪接要素)。顺利通过那样步骤,理论探析涉及到员工能较大状态地缩短核质中OCT4转录要素效用的要素,并更专心致志于其是 RBP的新功效性。理论探析涉及到员工运用质谱技术应用认定了25个OCT4互作球蛋清,并剖析了两者的亚受损人体上皮肿瘤細胞系定位功效、碳原子功效性和微生态学步骤(图2)。哪些球蛋清首要坐落于受损人体上皮肿瘤細胞系核、受损人体上皮肿瘤細胞系质和受损人体上皮肿瘤細胞系膜,并有着译员要素构建、RNA构建和球蛋清构建等功效性。STRING球蛋清组学网洛剖析进一点呈现了两个OCT4互作球蛋清与译员、转录、压力差响应和转运公司等4个组涉及到(图3)。哪些最终呈现,OCT4有机会体验mRNA译员的调节管控。在25个OCT4互作球蛋清中,有经点的HNRNPA1和EIF3的组建大部分EIF3G,这呈现OCT4有机会体验帽依懒感于症性和/或帽非依懒感于症性但EIF4F非依懒感于症性译员初始步骤。小说作者进一点确认OCT4、HNRNPA1和EIF3G有机会共同体体验PI3K/AKT网络信号环路染色体组的帽非依懒感于症性和/或帽依懒感于症性但EIF4F非依懒感于症性译员初始步骤。
图2 OTC4球蛋白互作多组分析
图3 OTC4核蛋白互作组能力分折
OCT4改善低氧状况下PI3K/AKT径路染色体的汉语翻译比例
我使用全文翻譯组测序和转录组测序探析了低氧水平下OCT4在调准PI3K/AKT资料4g表现环路染色体mRNA全文翻譯各种缺省染色体中的意义。我推进了全文翻譯组和转录组的RPKM资料得到了RNA的全文翻譯比列,即总mRNA中的发生全文翻譯的mRNA比列。KEGG关键功能生物富集出现变动全文翻譯比列的染色体包括直接参与到PI3K/AKT资料4g表现环路、mTOR资料4g表现环路、胰岛素资料4g表现环路、凋亡和毁灭体4g表现环路等,而调涨全文翻譯比列的染色体包括直接参与到关键转录系数、泛素介导的淀粉酶质化学降解、血细胞周期公式和PI3K/AKT资料4g表现环路等(图4)。结果显现出现OCT4在缺氧的症状水平下对PI3K/AKT资料4g表现环路染色体的全文翻譯至关最重要。OCT4有可能使用IRES介导的帽非依赖关系性全文翻譯行业利于PI3K/AKT资料4g表现环路染色体的全文翻譯。
图4 低氧水平下的OTC4对核蛋白翻译专业的总体性性调节作用
OCT4激活开通的AKT1讲述来需要对异星工厂和腐蚀应激状态
要想进部调查OCT4与AKT1mRNA配合的规则,调查相关人员运行HKINT技术工艺(杂合子敲入N端tag标签)敲也可以AKT1基因遗传5’UTR的部位,以损害OCT4与AKT1 mRNA的共同目的。报告是因为,TAP-AKT1淀粉酶质平行相关性不高出野山型AKT1淀粉酶质平行,而TAP-AKT1 mRNA平行则相关性高出野山型AKT1 mRNA平行,这是因为损害OCT4与AKT1 mRNA的共同目的会压制TAP-AKT1的译文资料。在乏氧因素下,野山型AKT1淀粉酶质平行在乏氧除理后8小相关性提升,第三在24小后复原到原平行。而TAP-AKT1淀粉酶质平行则在一小部分乏氧一年后将持续减退。TAP-AKT1上皮内部比野山型上皮内部更便捷细胞多样性为外胚层和内胚层,但不便捷细胞多样性为间充质。总而言之,OCT4凭借IRES介导的方式解锁AKT1的译文资料,最后在乏氧因素下维护PSCs的自愈和自我管理版本更新性能。PART.2
经典文章工作小结
根据以上经验,本科研出现 OCT4是地球能开干神经元中的这种RNA根据球蛋清,它根据到mRNAs的5’-UTR、3’-UTR和CDS区城。在OCT4球蛋清质互不之间的功效组中监测到2个己知操作IRES介导译为英语专业资料起至的球蛋清质,根据RNC-seq/RNA-seq数据分析进三步核实了OCT4在PSCs没有响应脑缺氧的症状压强的译为英语专业资料政策调控中的关键性的功效。比较适合特别留意的是,OCT4在脑缺氧的症状必要条件下完成IRES介导经过根据到AKT1和2个PI3K/AKT移动信号通道DNAmRNAs的GC-rich零件上,并使得她们的译为英语专业资料起至。完成HKINT工艺特异形受到破坏AKT1 mRNA的5’-UTR结构特征和OCT4-5’-UTR互不之间的功效明显下降了AKT1的译为英语专业资料技术水平,会造成PSCs对阳极氧化应激性引诱的凋亡窒息死亡愈加太敏感,并必需向外胚层和内胚层多样性。PART.3
拜谱工作小结
本研究通过多组学技术揭示了OCT4作为一种新型的抗应激RNA结合蛋白,在应激条件下通过翻译调控促进多能干细胞的存活和自我更新。OCT4通过结合到AKT1等PI3K/AKT通路基因mRNA的5'-UTR区域,促进其在应激条件下的翻译起始,从而在PSCs的存活和分化中发挥关键作用。拜谱生物为该研究提供了核蛋白互作组质谱分折的技术,拜谱生物体可提高稳定加强制度建设的转录组学、球蛋白组学、细胞代谢组学已经几组学联办产品的系统服务管理组织体制,助力发表高分文献,欢迎致电咨询!
可以参考文献:
Chen W, Chen X, Chen C, et al. OCT4 translationally promotes AKT signaling as an RNA-binding protein in stressed pluripotent stem cells. Stem Cell Res Ther. 2025;16(1):84. Published 2025 Feb 23. doi:10.1186/s13287-025-04229-1